Durante la Edad Media, la villa de Brañosera, al igual que todas las de la zona, se hallaba íntimamente ligada al Monasterio Premostratense de Santa María la Real de Aguilar de Campoo, como confirman varios documentos:
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La parroquia de San Miguel Arcángel dependía de este Monasterio según figura en un documento de confirmación dado por Alfonso VIII en 1181.
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Esta dependencia del Monasterio queda reafirmada por la bula laterense del Papa Honorio III, fechada el 15 de Enero de 1224.
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El diploma de Fernando III, fechado el 22 de Octubre de 1231 en Valladolid, confirma todas las donaciones que Alfonso VIII hiciera al Monasterio, incluidas las de la villa de Brañosera.
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Una Orden de Alfonso X en 1255, cita al alfoz de Brañosera como dependiente de la jurisdicción de los Alcaldes y del Merino de Aguilar.
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En 1328 se tienen datos de las dos iglesias de Brañosera: San Miguel y Santa Eulalia, como se desprende de un documento que refleja una disputa entre el Monasterio y los clérigos y el concejo brañoserense, sobre el reparto de los diezmos de ambas iglesias.
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En el Libro Becerro de las Behetrías se dice que Brañosera, Bramisera, «es las dos partes solariego de don Tello e la terçia parte abadengo de Agilar e del abat de Çervatos e del abat de Santa Cruz».